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分为以下三种情况：
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1、正常情况下，jar包attach对应的源码后就可以正常浏览源码了。这种情况下在jar包上右击属性，在弹出窗口的Java Source Attachment标签下可以看到对应源码的位置；也可以在项目属性--Java Build Path-- Libraries下展开jar包，也可以看到源码的位置。
2、项目本身是ANT项目，jar包是通过下载源代码编译出来的。这种情况下点击jar包下的class也可以看到源文件，在项目的build目录下可以找到jar包的源码。
3、Eclipse安装了jadclipse等反编译插件，源码是通过反编译产生的，没有实际对应的文件。
如果你的断点处是一个Java内部的方法（你十有八九是停在了System.out.println处），而你安装的是JDK（Java开发套件），不仅仅是JRE（Java运行环境），那么eclipse的step into会跳入这个方法里。如果你eclipse里设置的JDK关联的源码位置不正确，eclipse就会打开.class文件（否则是直接打开JDK内部的源代码）。
step over倒是没发现会产生这样的问题。
回答补充：
我用的是英文版，如果你用的是中文版，下面的步骤自行与中文菜单对应起来
选择菜单项
Window-Preferences
打开窗体，在左侧面板选
Java-Installed JREs
右侧面板中选择你使用的Java运行环境，见截图第1部分（百度只能上传一张图，所以我把几张截图合在一起了）
点击Edit，在左下角面板中选择你要关联的Java类库，点击“+”号展开，则在右侧面板可以点击Source Attachment...选项选择来源，见截图第2部分和第3部分。
选择好正确的代码来源后（通常是JDK安装目录下的src.zip），你就可以单步跟踪进去了。
不过话说回来，JDK的代码实现不会有什么错误，如果不是为了学习JDK，没必要跟进去，翻看Java API文档并且相信JDK能正确实现其功能即可。如果不小心进入到.class文件里，点击“step return”即可返回你自己的代码。
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工具/原料
安装了Eclipse开发工具
电脑中下载有对应源码的zip包或JAR包
1打开我们Eclipse开发工具，点击菜单栏中的“Window”选项，这里有用于设置Eclipse的一些基本操作，如下图：
2点击“Window”弹出的下拉菜单中，我们看到“Preferences”这个选项，然后点击“Preferences”，将会弹出属性设置窗口，如下图：
3弹出“Preferences”属性设置窗口，你会看到窗口左边栏有一列可选项，我们点击“Java”选项，展开下拉选项，然后选中“Installed JREs”，如下图：
4在选中“Installed JREs”后，右边栏中，我们点击已经安装了的JREs，然后点击“Edit”按钮，将会进入编辑JREs窗口界面，如下图：
5
弹窗编辑JRE窗口，窗口中列出JRE在本地安装的路径、JRE名称和JRE里面包含的类库。在类库中，点击展开选项，在选项中看到“Source Attachment”并选中选项，然后点击“Source Attachment”，如下图：
6点击“Source Attachment”按钮后弹窗的窗口，是需要设置关联Java源代码的窗口，选中“External location”，然后选择本地种Zip包或JAR包文件，最后点击“OK”即可
在Eclipse中查看JDK类库的源代码
设置：
1.点 “window”- "Preferences" - "Java" - "Installed JRES"
2.此时"Installed JRES"右边是列表窗格，列出了系统中的 JRE 环境，选择你的JRE，然后点边上的 "Edit..."， 会出现一个窗口(Edit JRE)
3.选中rt.jar文件的这一项：“c:\program files\java\jre_1.5.0_06\lib\rt.jar”
点 左边的“+” 号展开它
4.展开后，可以看到“Source Attachment:(none)”，点这一项，点右边的按钮“Source Attachment...”, 选择你的JDK目录下的 “src.zip”文件
5.一路点"ok",结束。
dt.jar是关于运行环境的类库,主要是swing的包
tools.jar是关于一些工具的类库
rt.jar包含了jdk的基础类库，也就是你在java doc里面看到的所有的类的class文件
使用：
可以在 Java 源代码编辑器或代码片段编辑测试窗中选择类型、方法或字段的名称，然后对元素的定义打开编辑器。
在 Java 编辑器中，选择类型、方法或字段的名称。您也可以仅仅在名称中单击一次。
执行下列其中一项操作：
1.从菜单栏中，选择浏览 打开声明
2.从编辑器的弹出菜单中，选择打开声明
3.按 F3 键，如下图