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首先先要给大家介绍PHP执行linux系统命令的几个基本函数。
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system函数
说明：执行外部程序并显示输出资料。
语法：string system(string command, int [return_var]);
返回值: 字符串
详细介绍：
本函数就像是 C 语中的函数 system()，用来执行指令，并输出结果。若是 return_var 参数存在，则执行 command 之后的状态会填入 return_var 中。同样值得注意的是若需要处理用户输入的资料，而又要防止用户耍花招破解系统，则可以使用 EscapeShellCmd()。若 PHP 以模块式的执行，本函数会在每一行输出后自动更新 Web 服务器的输出缓冲暂存区。若需要完整的返回字符串，且不想经过不必要的其它中间的输出界面，可以使用 PassThru()。
实例代码：
?php
$last_line = system('ls', $retval);
echo 'Last line of the output: ' . $last_line;
echo 'hr/Return value: ' . $retval;
?
exec函数
说明：执行外部程序。
语法：string exec(string command, string [array], int [return_var]);
返回值: 字符串
详细介绍：
本函数执行输入 command 的外部程序或外部指令。它的返回字符串只是外部程序执行后返回的最后一行；若需要完整的返回字符串，可以使用 PassThru() 这个函数。
要是参数 array 存在，command 会将 array 加到参数中执行，若不欲 array 被处理，可以在执行 exec() 之前呼叫 unset()。若是 return_var 跟 array 二个参数都存在，则执行 command 之后的状态会填入 return_var 中。
值得注意的是若需要处理使用者输入的资料，而又要防止使用者耍花招破解系统，则可以使用 EscapeShellCmd()。
实例代码：
?php
echo exec('whoami');
?
popen函数
说明：打开文件。
语法：int popen(string command, string mode);
返回值: 整数
详细介绍：
本函数执行指令开档，而该文件是用管道方式处理的文件。用本函数打开的文件只能是单向的 (只能读或只能写)，而且一定要用 pclose() 关闭。在文件操作上可使用 fgets()、fgetss() 与 fputs()。若是开档发生错误，返回 false 值。
实例代码：
?
$fp = popen( "/bin/ls", "r" );
?
通过上述函数，PHP可以执行linux系统的shell命令。
php执行linux的命令用system或exec就可以，只要打开safemode，但是一些系统底层的没有执行命令的不允许调用哦，实在有些命令例如zip之类想用的话，直接用php写入一个shell脚本文件再exec那个sh就好了。
用户可以参考如下php-cgi安装启动过程。
1、解包
tar zxvf php-5.2.6.tar.gz
2、安装
cd php-5.2.6/
./configure --prefix=/usr/local/php --with-mysql=/usr/local/mysql --with-zlib-dir --with-freetype-dir=/usr --with-jpeg-dir=/usr --with-png-dir=/usr --enable-gd-native-ttf --with-gd --enable-ftp --with-iconv --with-gettext --with-curl --enable-fastcgi --with-openssl
make make install
cd /usr/local/php/lib
cp php.ini-dist php.ini
cp /usr/local/php/bin/php /usr/bin/php-cgi
3、修改php.ini
nano php.ini 按f6然后输入extension_dir
查找/usr/local/php/etc/php.ini中的extension_dir = "./"
修改为extension_dir = "/usr/local/php/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20060613/"
4、启动php-cgi
/usr/local/bin/spawn-fcgi -a 127.0.0.1 -p 9000 -C 5 -f /usr/bin/php-cgi
nginx配置文件中的 fastcgi_pass 127.0.0.1:9000; 就是根据上面来的
5、查看一下
[zhangy@BlackGhost www]$ ps -e|grep php-cgi
3737 ? 00:00:00 php-cgi
3738 ? 00:00:03 php-cgi
3739 ? 00:00:03 php-cgi
3740 ? 00:00:04 php-cgi
3741 ? 00:00:03 php-cgi
3742 ? 00:00:03 php-cgi
php命令行常用命令.
1.用php -q 文件名.php 方式把php程序当shell程序来用，
2.用php -s把自己的php程序显示有语法高亮色彩的html源文件。这样是不是很省心？
3.php计划任务。
0 6 * * * /usr/local/bin/php /home/web/do/index.php
4.查看扩展库
/usr/local/php/bin/php -m
5.检查php.ini配置是否正确
/usr/local/php/bin/php -v
6.让php运行指定文件
php my_script.php
php -f my_script.php
7.在命令行直接运行 PHP 代码。
php -r ‘print_r(get_defined_constants());’
php -r ‘phpinfo();’
8.用该参数，您可以指定一个放置 php.ini 文件的目录，或者直接指定一个自定义的 INI 文件
php -c /custom/directory/custom-file.ini my_script.php
9.显示除去了注释和空格的源代码。
php -w a.php
10.php -i
该命令行参数会调用 phpinfo() 函数，并打印出结果。
linux定时任务php命令未找到原因是php代码有错误。先检查一下php代码，或者可以在linux上面执行一下这个文件，看是否能够执行成功，不能成功是php代码出现了错误，进行修改即可。
在 Linux 下执行 php 脚本时通常是使用以下命令（视php安装路径而定）：
/usr/local/php/bin/php test.php
另外，为简化输入可把此php执行程序 copy 到系统命令目录下：
cp /usr/local/php/bin/php /usr/sbin/
验证：输入以下命令，如正确获取 php 版本，说明操作成功。
php -v
参考：