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1、方便不同数据库之间的切换
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数据库有很多种，比如mysql，mysqli，Oracle，Access等等，使用pdo方式连接数据库，只需要定义DSN即可以连接各种类型的数据库
2、PDO有预处理机制，数据库操作更快，而且预处理机制可以有效的防止数据注入，降低数据库被黑客攻击的可能
这个本质上说是可选的，文件可以替代数据库的作用，但是，文件数量一旦多了之后，索引文件以及查找其中内容会变得非常的慢，而且数据库起到的作用是，有序的索引大量的数据，并使调用修改变得简便。
所以虽然数据库可以不用，但还是建议将数据库与PHP程序绑定，这样方便你自己，也是一种发展趋势。
不一定，
php是一门网络编程语言，mysql是存储的数据的数据库，
只是两者结合在一起，非常容易使用。
现在的信息系统一般都是用数据库来存储数据，利用数据库可以高效的对数据进行管理，包括数据的有效组织，查询和修改，同时可容易实现备份和恢复。
1、存放数据，这是起码的。用文件存不是不可以，但是对于并发的支持、锁机制的保障、存储备份机制、搜索方面，数据库是在优势巨大
2、数据存多了，往往会发现一些新的知识。这就是数据仓库、数据挖掘做的
3、现在流行的大数据？！云计算？！都有数据库的支撑啊