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首先，java没有直接解析视频的类和方法，你要么自己去研究各种视频格式的压缩方式和算法，要么用别人的工具包。推荐ffmpeg，具体请百度这个玩意的java实现。最后，还是老老实实去写三大框架吧，这种解析视频的什么的还是让搞c++的去做吧。
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首先大部分视频是压缩流媒体，你得有相应的解码器。也就是解压视频数据的算法，上网搜搜也许能搜索到相关的java类库。
然后你得建立自己一个“视频流”，原理类似于字节流，字符流等java标准类库里有的流。并编写相应算法，形成流位置与视频时间的映射，这样通过时间段的截取就可以得到相应的视频片段。最后是对所截取的流进行包装，写入文件信息，并最终写入硬盘形成新的完整的视频文件。
但要注意的是，因为视频文件较大，一次性全部读入内存对性能影响较大。对流的读取最好只取小片段，一点一点的处理。
这就是大概的原理，实现起来还是很有难度的，加油吧，网上资料很多，百度一下，找到它们
rmvb等视频容器格式的文件头部有播放必要的元信息。不该被简单截断。
需要用格式对应的工具。