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JAVA_HOME C:\Program Files\Java\jdk1.6.0_12
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CLASSPATH .\;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar
配置的话网上有的，你参考网上的Android配置，签名工具没有必要吧！用Android里面的自己设置就可以了，在eclipse里面有接口，没有必要另外用签名工具。方便多了
一：需要包含的包
import java.security.*;
import java.io.*;
import java.util.*;
import java.security.*;
import java.security.cert.*;
import sun.security.x509.*
import java.security.cert.Certificate;
import java.security.cert.CertificateFactory;
二：从文件中读取证书
用keytool将.keystore中的证书写入文件中，然后从该文件中读取证书信息
CertificateFactory cf=CertificateFactory.getInstance("X.509");
FileInputStream in=new FileInputStream("out.csr");
Certificate c=cf.generateCertificate(in);
String s=c.toString();
三：从密钥库中直接读取证书
String pass="123456";
FileInputStream in=new FileInputStream(".keystore");
KeyStore ks=KeyStore.getInstance("JKS");
ks.load(in,pass.toCharArray());
java.security.cert.Certificate c=ks.getCertificate(alias);//alias为条目的别名
四：JAVA程序中显示证书指定信息
System.out.println("输出证书信息:\n"+c.toString());
System.out.println("版本号:"+t.getVersion());
System.out.println("序列号:"+t.getSerialNumber().toString(16));
System.out.println("主体名："+t.getSubjectDN());
System.out.println("签发者："+t.getIssuerDN());
System.out.println("有效期："+t.getNotBefore());
System.out.println("签名算法："+t.getSigAlgName());
byte [] sig=t.getSignature();//签名值
PublicKey pk=t.getPublicKey();
byte [] pkenc=pk.getEncoded();
System.out.println("公钥");
for(int i=0;ipkenc.length;i++)System.out.print(pkenc[i]+",");
五：JAVA程序列出密钥库所有条目
String pass="123456";
FileInputStream in=new FileInputStream(".keystore");
KeyStore ks=KeyStore.getInstance("JKS");
ks.load(in,pass.toCharArray());
Enumeration e=ks.aliases();
while(e.hasMoreElements())
java.security.cert.Certificate c=ks.getCertificate((String)e.nextElement());
六：JAVA程序修改密钥库口令
String oldpass="123456";
String newpass="654321";
FileInputStream in=new FileInputStream(".keystore");
KeyStore ks=KeyStore.getInstance("JKS");
ks.load(in,oldpass.toCharArray());
in.close();
FileOutputStream output=new FileOutputStream(".keystore");
ks.store(output,newpass.toCharArray());
output.close();
七：JAVA程序修改密钥库条目的口令及添加条目
FileInputStream in=new FileInputStream(".keystore");
KeyStore ks=KeyStore.getInstance("JKS");
ks.load(in,storepass.toCharArray());
Certificate [] cchain=ks.getCertificate(alias);获取别名对应条目的证书链
PrivateKey pk=(PrivateKey)ks.getKey(alias,oldkeypass.toCharArray());获取别名对应条目的私钥
ks.setKeyEntry(alias,pk,newkeypass.toCharArray(),cchain);向密钥库中添加条目
第一个参数指定所添加条目的别名，假如使用已存在别名将覆盖已存在条目，使用新别名将增加一个新条目，第二个参数为条目的私钥，第三个为设置的新口令，第四个为该私钥的公钥的证书链
FileOutputStream output=new FileOutputStream("another");
ks.store(output,storepass.toCharArray())将keystore对象内容写入新文件
八：JAVA程序检验别名和删除条目
FileInputStream in=new FileInputStream(".keystore");
KeyStore ks=KeyStore.getInstance("JKS");
ks.load(in,storepass.toCharArray());
ks.containsAlias("sage");检验条目是否在密钥库中，存在返回true
ks.deleteEntry("sage");删除别名对应的条目
FileOutputStream output=new FileOutputStream(".keystore");
ks.store(output,storepass.toCharArray())将keystore对象内容写入文件,条目删除成功
九：JAVA程序签发数字证书
（1）从密钥库中读取CA的证书
FileInputStream in=new FileInputStream(".keystore");
KeyStore ks=KeyStore.getInstance("JKS");
ks.load(in,storepass.toCharArray());
java.security.cert.Certificate c1=ks.getCertificate("caroot");
（2）从密钥库中读取CA的私钥
PrivateKey caprk=(PrivateKey)ks.getKey(alias,cakeypass.toCharArray());
（3）从CA的证书中提取签发者的信息
byte[] encod1=c1.getEncoded(); 提取CA证书的编码
X509CertImpl cimp1=new X509CertImpl(encod1); 用该编码创建X509CertImpl类型对象
X509CertInfo cinfo1=(X509CertInfo)cimp1.get(X509CertImpl.NAME+"."+X509CertImpl.INFO); 获取X509CertInfo对象
X500Name issuer=(X500Name)cinfo1.get(X509CertInfo.SUBJECT+"."+CertificateIssuerName.DN_NAME); 获取X509Name类型的签发者信息
（4）获取待签发的证书
CertificateFactory cf=CertificateFactory.getInstance("X.509");
FileInputStream in2=new FileInputStream("user.csr");
java.security.cert.Certificate c2=cf.generateCertificate(in);
（5）从待签发的证书中提取证书信息
byte [] encod2=c2.getEncoded();
X509CertImpl cimp2=new X509CertImpl(encod2); 用该编码创建X509CertImpl类型对象
X509CertInfo cinfo2=(X509CertInfo)cimp2.get(X509CertImpl.NAME+"."+X509CertImpl.INFO); 获取X509CertInfo对象
（6）设置新证书有效期
Date begindate=new Date(); 获取当前时间
Date enddate=new Date(begindate.getTime()+3000*24*60*60*1000L); 有效期为3000天
CertificateValidity cv=new CertificateValidity(begindate,enddate); 创建对象
cinfo2.set(X509CertInfo.VALIDITY,cv); 设置有效期
（7）设置新证书序列号
int sn=(int)(begindate.getTime()/1000); 以当前时间为序列号
CertificateSerialNumber csn=new CertificateSerialNumber(sn);
cinfo2.set(X509CertInfo.SERIAL_NUMBER,csn);
（8）设置新证书签发者
cinfo2.set(X509CertInfo.ISSUER+"."+CertificateIssuerName.DN_NAME,issuer);应用第三步的结果
（9）设置新证书签名算法信息
AlgorithmId algorithm=new AlgorithmId(AlgorithmId.md5WithRSAEncryption_oid);
cinfo2.set(CertificateAlgorithmId.NAME+"."+CertificateAlgorithmId.ALGORITHM,algorithm);
（10）创建证书并使用CA的私钥对其签名
X509CertImpl newcert=new X509CertImpl(cinfo2);
newcert.sign(caprk,"MD5WithRSA"); 使用CA私钥对其签名
（11）将新证书写入密钥库
ks.setCertificateEntry("lf_signed",newcert);
FileOutputStream out=new FileOutputStream("newstore");
ks.store(out,"newpass".toCharArray()); 这里是写入了新的密钥库，也可以使用第七条来增加条目
十：数字证书的检验
（1）验证证书的有效期
（a）获取X509Certificate类型对象
CertificateFactory cf=CertificateFactory.getInstance("X.509");
FileInputStream in1=new FileInputStream("aa.crt");
java.security.cert.Certificate c1=cf.generateCertificate(in1);
X509Certificate t=(X509Certificate)c1;
in2.close();
（b）获取日期
Date TimeNow=new Date();
（c）检验有效性
try{
t.checkValidity(TimeNow);
System.out.println("OK");
}catch(CertificateExpiredException e){ //过期
System.out.println("Expired");
System.out.println(e.getMessage());
}catch((CertificateNotYetValidException e){ //尚未生效
System.out.println("Too early");
System.out.println(e.getMessage());}
（2）验证证书签名的有效性
（a）获取CA证书
CertificateFactory cf=CertificateFactory.getInstance("X.509");
FileInputStream in2=new FileInputStream("caroot.crt");
java.security.cert.Certificate cac=cf.generateCertificate(in2);
in2.close();
（c）获取CA的公钥
PublicKey pbk=cac.getPublicKey();
（b）获取待检验的证书（上步已经获取了，就是C1）
（c）检验证书
boolean pass=false;
try{
c1.verify(pbk);
pass=true;
}catch(Exception e){
pass=false;
System.out.println(e);
}
需要联网或者读取编辑本地文件的java软件、
在每次联网或者读取编辑文件的时候都会弹出询问用户是否允许、
这个权限可以设置成“每次询问”、“仅第一次询问”、“始终不允许”、“始终允许”、
没有签名的java软件、是不可以设置为“始终允许”的、
java软件签名版可以设置“始终允许”、避免每次询问的麻烦、
具体例子可见手机QQ下载频道、java版、有“诺基亚用户可下载签名版、获得更佳体验”、谢谢，望采纳。