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混淆的工具很多，最常用的为retroguard.
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Java 代码编译后生成的 .class 中包含有源代码中的所有信息（不包括注释），尤其是在其中保存有调试信息的时候。所以一个按照正常方式编译的 Java .class 文件可以非常轻易地被反编译。反编译工具有很多种，其中非常强大的一种是 jad。
为了避免出现这种情况，保护开发者的劳动，又有一种叫做 Java 混淆器的工具被开发出来。Java 混淆器的作用是对编译好的代码进行混淆，使得其无法被反编译或者反编译后的代码混乱难懂。Java 混淆器也有很多种，其中比较强大的一种是 RetroGuard（只说比较强大是因为我对其功效还是有些怀疑的）。
这里我介绍一下 RetroGuard 的使用方法。
将下载的 .tar.gz 或者 .zip 文件解压。有用的只有 retroguard.jar 一个文件，其它的是源代码和文档。
RetroGuard 是针对 jar 文件做混淆的。使用之前需要先配置一下。可以手工编辑配置文件，更好的方法是使用 RetroGuard 提供的 GUI 工具来生成配置文件。使用方法如下：
java -classpath retroguard.jar;xxx.jar;yyy.zip;... RGgui
然后在 GUI 的 Wizard 中设置各个参数。上面的 -classpath 中应该列出要混淆的 jar 所依赖的所有的包。
RGgui 的详细使用方法可以看 RetroGuard 的文档 docs.html。
配置文件生成后，就可以运行 RetroGuard 进行混淆了。使用方法如下：
java -classpath xxx.jar;yyy.zip;... RetroGuard vvv-unofb.jar vvv.jar vvv.rgs vvv.log
其中 vvv-unofb.jar 是未混淆的 jar 文件，vvv.jar 是混淆后生成的 jar 文件，vvv.rgs 是配置文件，vvv.log 是日志文件。缺省的配置文件名称为 script.rgs，缺省的日志文件名称为 retroguard.log。
在生成配置文件时需要注意的是：
1、所有 public 的类名、方法名、变量名应该全部保留。因为所有设置为 public 的内容代表了整个包对外表现的接口。若某个内容不想为外界访问，就不应该设置为 public 的。
2、若包中某个类使用了 java.lang.Class 或者 java.lang.ClassLoader 中的某个方法加载了一个类，若这个类在包外，不需要特别处理；若这个类在包内，则需要保留这个类的类名，否则混淆后会找不到这个类。
3、在包中的所有调试信息（源文件名、行号、变量/参数信息等等）应全部删除。
以下从技术角度就常见的保护措施 和常用工具来看看如何有效保护java代码：1. 将java包装成exe 特点：将jar包装成可执行文件，便于使用，但对java程序没有任何保护。不要以为生成了exe就和普通可执行文件效果一样了。这些包装成exe的程序运行时都会将jar文件释放到临时目录，很容易获取。常用的工具有exe4j、jsmooth、NativeJ等等。jsmooth生成的exe运行时临时目录在exe所在目录中或是用户临时目录 中；exe4j生成的exe运行时临时目录在用户临时目录中；NativeJ生成的exe直接用winrar打开，然后用zip格式修复成一个jar文件，就得到了原文件。如果只是为了使用和发布方便，不需要保护java代码，使用这些工具是很好的选择。2. java混淆器特点：使用一种或多种处理方式将class文件、java源代码进行混淆处理后生成新的class，使混淆后的代码不易被反编译，而反编译后的代码难以阅 读和理解。这类混淆器工具很多，而且也很有成效。缺点：虽然混淆的代码反编译后不易读懂，但对于有经验的人或是多花些时间，还是能找到或计算出你代码中隐藏的敏感内容，而且在很多应用中不是全部代码都能混淆的，往往一些关键的库、类名、方法名、变量名等因使用要求的限制反而还不能混淆。3. 隔离java程序到服务端特点：把java程序放到服务端，让用户不能访问到class文件和相关配套文件，客户端只通过接口访问。这种方式在客户/服务模式的应用中能较好地保护java代码。缺点是：必须是客户/服务模式，这种特点限制了此种方式的使用范围；客户端因为逻辑的暴露始终是较为薄弱的环节，所以访问接口时一般都需要安全性认证。4. java加密保护特点：自定义ClassLoader，将class文件和相关文件加密，运行时由此ClassLoader解密相关文件并装载类，要起到保护作用必须自定 义本地代码执行器将自定义ClassLoader和加密解密的相关类和配套文件也保护起来。此种方式能很有效地保护java代码。缺点：可以通过替换JRE包中与类装载相关的java类或虚拟机动态库截获java字节码。 jar2exe属于这类工具。5. 提前编译技术(AOT) 特点：将java代码静态编译成本地机器码，脱离通用JRE。此种方式能够非常有效地保护java代码，且程序启动比通用JVM快一点。具有代表性的是GNU的gcj，可以做到对java代码完全提前编译，但gcj存在诸多局限性，如：对JRE 5不能完整支持、不支持JRE 6及以后的版本。由于java平台的复杂性，做到能及时支持最新java版本和JRE的完全提前编译是非常困难的，所以这类工具往往采取灵活方式，该用即时编译的地方还是 要用，成为提前编译和即时编译的混合体。缺点：由于与通用JRE的差异和java运用中的复杂性，并非java程序中的所有jar都能得到完全的保护；只能使用此种工具提供的一个运行环境，如果工具更新滞后或你需要特定版本的JRE，有可能得不到此种工具的支持。 Excelsior JET属于这类工具。6. 使用jni方式保护特点：将敏感的方法和数据通过jni方式处理。此种方式和“隔离java程序到服务端”有些类似，可以看作把需要保护的代码和数据“隔离”到动态库中，不同的是可以在单机程序中运用。缺点和上述“隔离java程序到服务端”类似。7. 不脱离JRE的综合方式保护特点：非提前编译，不脱离JRE，采用多种软保护方式，从多方面防止java程序被窃取。此种方式由于采取了多种保护措施，比如自定义执行器和装载器、加密、JNI、安全性检测、生成可执行文件等等，使保护力度大大增强，同样能够非常有效地保护java代码。缺点：由于jar文件存在方式的改变和java运用中的复杂性，并非java程序中的所有jar都能得到完全的保护；很有可能并不支持所有的JRE版本。 JXMaker属于此类工具。8. 用加密锁硬件保护特点：使用与硬件相关的专用程序将java虚拟机启动程序加壳，将虚拟机配套文件和java程序加密，启动的是加壳程序，由加壳程序建立一个与硬件相关的 受保护的运行环境，为了加强安全性可以和加密锁内植入的程序互动。此种方式与以上“不脱离JRE的综合方式保护”相似，只是使用了专用硬件设备，也能很好地保护java代码。缺点：有人认为加密锁用户使用上不太方便，且每个安装需要附带一个。从以上描述中我们可以看出：1. 各种保护方式都有其优缺点，应根据实际选用2. 要更好地保护java代码应该使用综合的保护措施3. 单机环境中要真正有效保护java代码，必须要有本地代码程序配合当然，安全都是相对的，一方面看你的保护措施和使用的工具能达到的程度，一方面看黑客的意愿和能力，不能只从技术上保护知识产权。总之，在java 代码保护方面可以采取各种可能的方式，不可拘泥于那些条条框框。
我用yguard，我觉得还行，至少混淆后，反编译出来的东西基本没法看，而且网上的教程极多。