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我们在选择虚拟主机的时候，不论是自身还是供应商都会问你选择什么操作系统的虚拟主机。这个问题应该如何回答，要根据自身的切实需求来说的，两者之间没有绝对的好坏，只有是否适合的问题。
(1)Linux操作系统（推荐阅读：申请虚拟主机FTP填什么）
UNIX主机系列一般操作系统以BSD和LINUX居多。支持PERL、PHP等语言。数据库使用MYSQL。稳定，是UNIX虚拟主机的优势之一。
Linux/Unix操作系统注意事项?
您的站点开设在Linux/Unix操作系统上，FTP根目录就是Web站点的根目录，您可以把文件直接上载到FTP根目录;建议您将PHP程序权限改为600，CGI/Perl，程序权限改为700，包含数据库密码等敏感信息的配置文件的权限也改为600，这样可以大程度地保护您的源代码的安全。
(2)Windows操作系统
Windows提供了较大的灵活性，支持ASP、PERL等语言。程序设计多为ASP语言，较为简单，网站开发成本也较低。同时，此主机提供对EXCEL、ACCESS、SQLSERVER等数据库的支持，为数据存储提供了很大的便利。
Windows操作系统注意事项?
Windows系列用户虚拟主机下设置了3个子目录，htdocs;WebLog;database。htdocs—存放用户站点页面，即您应将文件上传至此目录下;WebLog—目录是用户网站的访问日志，每天一个文件，是一个只读目录。当用户测试网站出现错误时可以下载log.gz文件参考其内容;database—是一个只读目录,可以存放Access数据库等文件。
Linux 虚拟主机与 Windows 虚拟主机的不同之处：
1.Linux 虚拟主机，与 Windows 虚拟主机所支持的程式代码不同
Linux 虚拟主机与 Windows 虚拟主机最常见的不同之处就是 Linux 所运行的应用程序代码是PHP，而Windows虚拟主机所运行的应用程序代码是 ASP，这也造成不同应用程式在不同伺服器上个性的体现，如全球最受欢迎的 CMS 系统 WordPress，在 Linux 虚拟主机上的体现则比较好。
2. Linux 虚拟主机与 Windows 虚拟主机成本不同
Linux 作为开源性的操作系统，其系统供用户免费试用，而 Windows 操作系统则需要支付版权费用，也就是说用户若选购 Windows 虚拟主机的话，他们将需要额外支付使用 Windows 的版权费。
3. Linux 虚拟主机比 Windows 虚拟主机的稳定性相对高一些
如第二点中提及 Linux 操作系统是开源性的，也正因为其开源性一旦 Linux 系统出现什么安全漏洞，将会有人迅速地修复这些漏洞，因此 Linux 虚拟主机的稳定性相对来说比 Windows 虚拟主机高。
4. Linux 虚拟服务器与 Windows 虚拟主机所使用的控制平台不一样
你的 Linux 虚拟主机与 Windows 虚拟主机是代管的话，那么你将不需要透过命令行来管理你的虚拟主机，不过 Windows 虚拟主机只能用 Plesk 管理控制台，而 Linux 虚拟伺服除了 Plesk 控制台外，还可以选择 cPanel 管理控制台。
并没有说 Linux 虚拟主机跟 Windows 虚拟主机哪个就比对方好，到底选择 Linux 还是 Windows 虚拟主机，主要也是要看你使用哪种的应用程式。想获得更多虚拟主机空间的内容，请关注创新互联！