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HMTL5可以有本地数据库功能，不过目前都不支持啊。
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级联数据可以根据查询不同生成缓存文件啊，或者用memcached啊。
没必要一次性查出100W条。每次请求3-5W数据update，分页用递归。
控制好变量内存，不要内存溢出。
表结构可能有问题，你用来查询的字段是键么？不是的话在百万数据量时时间长是必然的，还有你的SQL语句，如果有联表查之类的，而表之间的关联和条件有非键项，那慢也是正常的