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linux并行运算命令 linux 并行计算

Linux下的并行神器——parallel

GNU Parallel的输入源支持文件、命令行和标准输入(stdin或pipe)。

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当然,若不想像上面那样进行组合,可使用 --xapply 参数从每一个源获取一个参数(或文件一行),这个参数有些类似R中的函数,具有广播作用——如果其中一个输入源的长度比较短,它的值会被重复。

GNU Parallel可以通过 --arg-sep 和 --arg-file-sep 指定分隔符替代 ::: 或 ::::,当这两个符号被其它命令占用的时候会特别有用。

GNU Parallel默认把一行做为一个参数:使用 \n 做为参数定界符。可以使用 -d 改变:

GNU Parallel支持通过 -E 参数指定一个值做为结束标志:

GNU Parallel使用 --no-run-if-empty 来跳过空行:

如果parallel之后没有给定命令,那么这些参数会被当做命令:

此外,命令还可以是一个脚本文件,一个二进制可执行文件或一个bash的函数(须用 export -f 导出函数)

GNU Parallel支持多种替换字符串,默认使用 {},使用 -I 改变替换字符串符号 {}。其最常见的字符串替换包括以下几种: {.} ,去掉扩展名; {/} ,去掉路径,只保留文件名; {//} ,只保留路径; {/.} ,同时去掉路径和扩展名; {#} ,输出任务编号。同时对于每一个字符串替换都可以自己指定符号: -I 对应 {} ; --extensionreplace 替换 {.} ; --basenamereplace 替换 {/} ; --dirnamereplace 替换 {//} ; --basenameextensionreplace 替换 {/.} ; --seqreplace 替换 {#} 。

同时,如果有多个输入源时,可以通过 {编号} 指定某一个输入源的参数:

使用 --header 把每一行输入中的第一个值做为参数名。

使用 --colsep 把文件中的行切分为列,做为输入参数。

--xargs 会在一行中输入尽可能多的参数(与参数字符串长度有关),通过 -s 可指定一行中参数的上限。

为了获得更好的并发性,GNU Parallel会在文件读取结束后再分发参数。

GNU Parallel 在读取完最后一个参数之后,才开始第二个任务,此时会把所有的参数平均分配到4个任务(如果指定了4个任务)。

第一个任务与上面使用 --xargs 的例子一样,但是第二个任务会被平均的分成4个任务,最终一共5个任务。(奇怪的是我的结果与官网教程的结果不一样)

替换字符串可以是输出字符的一部分,使用 -m 参数表示每个job不重复输出“背景”(context), -X 则与 -m 相反,会重复输出“背景文本”,具体通过下面几个例子进行理解:

使用 -N 限制每行参数的个数,其中 -N0 表示一次只读取一个参数,且不输入这个参数(作为计数器来使用)。

如果命令行中包含特殊字符,就需要使用引号保护起来。

perl脚本 'print "@ARGV\n"' 与linux的 echo 的功能一样。

使用GNU Parallel运行这条命令的时候,perl命令需要用引号包起来,也可以使用 -q 保护perl命令:

使用 --trim 去除参数两头的空格:

使用 --tag 以参数做为输出前缀,使用 --tagstring 修改输出前缀:

--dryrun 作用类似于echo:

--verbose 则在运行之前先打印命令:

一般来说,GNU Parallel 会延迟输出,直到一组命令执行完成。使用 --ungroup ,可立刻打印输出已完成部分。

使用 --ungroup 会很快,但会导致输出错乱,一个任务的行输出可能会被另一个任务的输出截断。像上例所示,第二行输出混合了两个任务: '4-middle' '2-start'。使用 --linebuffer 避免这个问题(稍慢一点):

强制使输出与参数保持顺序 --keep-order/-k :

GNU Parallel可以把每一个任务的输出保存到文件中,临时文件默认保存在 /tmp 中,可以使用 --tmpdir改变(或者修改 $TMPDIR):

输出文件可以有结构的保存 --results ,输出文件不仅包含标准输出(stdout)也会包含标准错误输出(stderr):

在使用多个变量的时候会显示很有用:

使用 --jobs/-j 指定并行任务数。

通过使用 --interactive 在一个任务执行之前让用户决定是否执行。

当job有大量的IO操作时,为避免 “惊群效应” ,可使用 --delay 参数指定各个job开始的时间间隔。

若已知任务超过一定时间未反应则为失败则可以通过 --timeout 指定等待时间避免无谓的等待。GNU parallel能计算所有任务运行时间的中位数,因此可以指定时间为中位数的倍数关系。

GNU parallel有多种方式可用来动态的显示任务进度信息,如:

使用 --joblog 参数能够生成各个任务的日志文件:

通过 --resume-failed 参数可以重新运行失败的任务; --retry-failed 的作用与 --resume-failed 类似,只是 --resume-failed 从命令行读取失败任务,而 --retry-failed 则是从日志文件中读取失败任务:

GNU parallel支持在某一情况下(如第一个失败或成功时,或者20%任务失败时)终止任务,终止任务又有两种类型,其一为立即终止(通过 --halt now 指定),杀死所有正在运行的任务并停止生成新的任务,其二为稍后终止(通过 --halt soon 指定),停止生成新任务并等待正在运行任务完成。

GNU parallel还支持在任务失败后重试运行 --retries :

关于终止信号的高级用法参考 官方入门文档 。

GNU parallel能够在开始一个新的任务前检查系统的负载情况防止过载(通过 --load 可指定负载),同时还能检查系统是否使用了交换空间(swap)(通过 --noswap 限制使用swap)。

同时,对于某些占用内存较多的程序,parallel会检查内存只有内存满足时才启动任务(通过 --memfree 指定需要内存大小),而且在启动任务后内存不够50%时会杀掉最新开始的任务,直到这个任务完成再重新开始那些杀死的任务。

还可以通过 --nice 来指定任务的优先级。

可使用 -S host 来进行远程登陆:

parallel -S username@$SERVER1 echo running on ::: username@$SERVER1

GNU parallel 文件传输使用的是rsync。

更多远程操作参见入门文档。

--pipe 参数使得我们可以将输入(stdin)分为多块(block),然后分配给多个任务多个cpu以达到负载均衡,最后的结果顺序与原始顺序一致。使用 --block 参数可以指定每块的大小,默认为1M。

如果不关心结果顺序,只想要快速的得到结果,可使用 --round-robin 参数。没有这个参数时每块文件都会启动一个命令,使用这个参数后会将这些文件块分配给job数任务(通过 --jobs 进行指定)。若想分配更为均匀还可同时指定 --block 参数。

参考:

官方文档

GNU Parallel指南

Linux Parallel 简单用法

parallel是一个Linux命令行并行工具(mac也可以用)

这里只说一种简单的用法,基本上能满足日常工作需求,

假设当前目录有三个 *.txt 文件,我们使用gzip对着三个文件进行压缩

1.顺序执行语句:

2.parallel并行版本

3.读取命令版本

linux怎么用一步命令实现多个脚本并行执行?

(run1.sh ) ; (run2.sh ) ; (run3.sh)

如果还有继续加


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