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应为链接数据库之后打开的时候他需要在数据库里读取数据，所以这个时间差就是数据库查询的时间！
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连接语句怎么写的，是不是用的域名，建议用IP，例如：
mysql_connect('127.0.0.1', 'root', '123456');
这个问题我遇到过，一般出现这种情况都是DNS反解析问题，还有SSH连接过慢问题也是。
搞定的方法，就是加入google的DNS：8.8.8.8
windows系统可以配置第备用DNS为8.8.8.8
Linux系统可以配置为nameserver 8.8.8.8
初步判断是因为你sql执行次数过多。
你的每条记录都进行了一次校验sql，通过的还要导入，所以说至少有100万条sql吧，一起执行多条sql，是要快于逐条执行每个sql 。
建议你在php中处理好全部的sql，用BEGIN END链接起来一起执行，试试看，格式如下
BEGIN
sql1;
sql2;
sql3
...
sql100w;
END;
这个要看你的家境，如果是一般或者不好，只够自己活肯定不够的。
如果你家境很好，富裕充足，富一二三四五代，那钱够自己生活，可以，因为你不用担心没有钱或者出事或者别的事情影响你。
如果你是前者，钱重要，但是还是要走正路来的钱，违法或者黑的就还是别碰，毕竟心术正也是立足社会的一个加分项，钱重要，但做正直的人赚正确的钱更重要，也就是人品，不要把钱看得至高无上，也就是说不要只看钱，为钱做什么都可以的那种。古语常言，君子爱财，取之有道。你要先解决生存问题，再谈生活。
如果你是后者，我个人认为，你还是要重视金钱，虽然可能家里人奋斗出来的资产对你来说很让你有优越感，但是那是他们付出了很多你经历不了或者没有经历过的，钱来之不易，世界上还有很多人因为吃不饱穿不暖发愁，如果你有能力，让自己变更优秀，没有什么是恒古不变的，即使你家庭很富有，如若有天不幸受难，你也可以帮助家庭解决部分也是很好的。壮大自己，就像我们国家，不居安思危的话，别国就会欺负，你若强大，朋友甚多，欺负你都要看看你的背后实力和关系。
开启下mysql的慢查询. 看看是否存在过多的慢查询语句. 具体开启方式可以百度
在数据库访问比较慢的情况下. 执行 show processlist 看下进程是否过多.
找出慢查询之后, 可以针对sql进行优化.
加加索引应该就能解决.
my.cnf 的配置可以参考网上的方案进行优化....
(按说...4000条数据根本就不是个问题....)