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MethyCancer数据库怎么用

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癌症作为人类健康的头号杀手，引起了科研工作者的官方关注。鉴于DNA甲基化修饰在肿瘤中的重要作用， MethyCancer数据库整合了DNA甲基化数据和基因表达谱数据，将癌症与相关的基因联系起来，

网址如下

http://methycancer.psych.ac.cn/

在数据库的首页，有人类染色体的标示图，可以快速的查看每条染色体上相关的数据概况。

MethyCancer数据库怎么用

MethyCancer中的甲基化数据共有5个来源：

  1. HEP

  2. MethDB

  3. UHN

  4. Columbia University

  5. BIG

对于这5个不同来源的数据，划分成了7种不同的类型

  1. Methylation region

  2. Methylation content

  3. Methylation pattern

  4. Methylation profile

  5. CpG Island I

  6. CpG Island II

  7. CpG Island III

具体的定义可以查看官网的详细说明。通过这个数据库，我们可以方便的检索到癌症相关的基因。

MethyCancer数据库怎么用

设置好检索条件之后，点击search 按钮，就可以看到如下结果：

MethyCancer数据库怎么用

点击对应的Cancer Name, 可以看到所有和该癌症相关的基因，比如Overview of breast tumors相关的基因，这些基因就可以作为该癌症研究对应的panel。

MethyCancer数据库怎么用

在该数据库中，还提供了一个CpG岛的预测工具

MethyCancer数据库怎么用

输入一段fasta序列，然后定义好其他的几个阈值，提交就可以了。

最重要的一点，这个数据库是可以免费下载。

MethyCancer数据库怎么用

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