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应该说html5发展的很快，功能很强大，html5完全能够开发出APP，但是是否能替代原生APP还是让时间来检验吧。
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另外HTML5是一系列技术的统称，包括js，所以你说HTML5会替代js这样的说法有问题，他俩是包含与被包含的关系。
现在是有很多人使用html5开发，如微信的js sdk等等；但是html5不是取代js的，也不会完全取代flash，而是基本上要取代flash。
现在IOS系统只支持html5，不支持flash。安卓系统也都支持html5，只是他们支持的程度差异化很大。
html5只是刚起步，在2014年末才正式发布。就行当初java一样。
2014年10月29日，万维网联盟泪流满面地宣布，经过几乎8年的艰辛努力，HTML5标准规范终于最终制定完成了，并已公开发布。
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中国互联网企业的努力
早些时候，国内互联网企业似乎很少会想到去和W3C这样的国际标准机构打交道，但如果我们不参与到这样的标准制定中，就很难在相关领域获得足够的话语权。
百度的觉醒比较早，也许这和他们浓郁的技术气息有关。早在2011年9月，百度就成为了中国首个受邀加入W3C的互联网企业，第二年8月，百度就向W3C HTML工作组提交了测试用例，并且获得通过，成为中国第一家向该工作组提交测试用例的公司。
到2013年，百度在互联网标准制定的进程上更进一步，与W3C联手举办了Test The Web Forward(简称TTWF)2013上海站活动，吸引了大量开发者加入。该活动是由百度、 Adobe、 Google、Mozilla、微软、Opera等W3C成员在世界各地组织的系列现场极限编程活动，自2012年6月在美国旧金山举办之后，已经在北京、巴黎、悉尼、西雅图、东京等城市举办过，吸引了大量开发者为HTML5各项规范撰写测试用例。这次的活动上，总计向W3C提交了1003个Web标准测试用例，找到35个Bug，大幅度刷新了TTWF全球系列活动中提交测试用例和Bug的数量。百度还设计开发了能够评测各种浏览器对HTML5支持能力的测试框架以及WebApp的一站式评测系统，可以对不同类型的WebApp进行有针对性的性能评测，覆盖各种性能指标，并给出详细分析和相关优化建议。
从这些活动上，也可以看到中国对于Web标准化上的巨大热情。在此之后，腾讯、360等国内公司也快速展开与W3C的相关合作了。也就是说，目前被正式发布的HTML5中，来自于中国的力量不可小觑。
持续推动的Web标准
今年，中国互联网标准化的进程再次被改写。在HTML5的标准建议中，有了一条来自于中国的建议。又是百度，他们又一次在Web标准化上的工作走到国内前列，其制定的首屏渲染优化会员提案已经被 W3C正式接受，这是中国第一次，也是目前唯一的一次。
首屏渲染优化规范主要应用在移动端，加速移动端Web页面对于用户的呈现速度。对于普通手机页面，由于代码规模较小，很少的代码就可以填充整个页面， Web开发者通过该规范，可以指示浏览器进行合适的首屏内容提前绘制，从而加快首屏展现速度，显著缩短用户首次看见非白屏页面时间。该提案的接受，也获得了W3C的高度好评。这表明了，百度在Web标准工作上，确实不是一时之举，而是长期以来支持不懈的努力和工作。
百度的工作很快不但获得了国内其它互联网企业的响应，腾讯、UC Web加入到首屏渲染优化提案的阵营中，而且也获得了工业和信息化部电信研究院的支持，中国企业在Web标准制定上，站在了一条战线上，共同努力。我们也相信，未来这样的标准化工作会越来越多。
与国际生态产业进行持续交流也必不可少，据了解，仍然以百度为例，他们每年都会参加W3C TPAC会议，与该领域内的专家们一套讨论规范制定的合理性、高效性，与国际知名企业一起，共同探讨、商定开放Web平台未来的技术方向，。
中国互联网创造未来
中国互联网企业在Web标准化上的不懈努力，也赢得了W3C的高度好评。W3C中国区总经理李安琪表示，“此次TPAC会议上，百度工程师向W3C HTML工作组和 Web Performance工作组详细介绍了首屏渲染优化会员提案，这是首份来自中国的会员提案，对于中国行业参与Web标准化工作，争取Web国际标准话语权，具有里程碑式的意义。此次百度与腾讯、UCWEB、电信研究院等机构联合提案，整个过程对于更多中国企业参与Web国际标准工作有非常好的借鉴作用。W3C希望能够收到更多来自中国的提案，以保证W3C标准满足中国行业的诉求。“
HTML5带来了一组新的用户体验，如Web的音频和视频不再需要插件，通过Canvas更灵活的完成图像绘制，而不必考虑屏幕的分辨率，浏览器对可扩展矢量图和数学标记语言的本地支持，通过引入新的注释信息以增强对东亚文字呈现的支持，对富Web应用信息无障碍新特性的支持，等等。这些领域很多代表了未来Web应用发展的方向。
我们也希望能够看到，未来能够有更多像百度这样的国内互联网企业，不断参与到国际标准化工作中，未来我们使用的各种相关标准中，能够有中国人的声音与力量。
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终上所述：
原生app会被取代但是不一定是html5。也有可能是html10
随着HTML5和Node.js的流行,Javascript这门在互联网初期就已诞生的语言正迸发出勃勃生机，Javascript将前端和后端开发统一起来，“一切皆为JS”看起来只是时间的问题。唯一的障碍是在移动端，因为无论是Android还是iOS平台，当前仍是原生应用大行其道。HTML5曾经被寄予厚望过，但是以Facebook为代表的一批公司在移动端对HTML5技术进行实践的心酸血泪史表明，HTML5可以是原生应用开发的一种有效补充，但远不足以替代原生。但是现在，随着iMAG.js的渐渐流行，这种状况正在发生改变。
iMAG.js是国内的爱码哥移动平台推出的Javscript移动跨平台开发框架，它的特点简单高效，同时又功能强大，可以用Javascript来替代原生开发。iMAG.js的原理和在服务器端运行的Node.js有些相似，都是封装了Javascript引擎，用Javascript去调用底层的API接口。不同的是因为移动应用的控件主要是UI模块、用户交互界面开发，iMAG.js为此引入了XML模板技术，XML和Javascript结合，这样很适合手机界面的展示。
H5开发的web APP和原生APP的区别有以下几个方面：
一、开发方面
原生App
⊙ 每一种移动操作系统都需要独立的开发项目
⊙ 每种平台都需要独立的开发语言。Java(Android), Objective-C(iOS)以及Visual C++(Windows Mobile)等等
⊙ 需要使用各自的软件开发包，开发工具以及各自的控件
移动Web App
⊙ 因为运行在移动设备的浏览器上，所以只需要一个开发项目
⊙ 这种应用可以使用HTML5,CSS3以及JavaScript以及服务器端语言来完成（PHP,Ruby on Rails,Python）
⊙ 这里可没有标准的SDK，基本任意选择别忘了有一些跨平台的开发工具，比如PhoneGap, Sencha Touch 2，APPcan以及Appcelerator Titanium等等。
二、能力方面
原生App
⊙ 能够与移动硬件设备的底层功能，比如个人信息，摄像头以及重力加速器等等
移动Web App
⊙ 只能使用有限的移动硬件设备功能。
三、获取方法
原生App
⊙ 直接下载到设备
⊙ 以独立的应用程序运行(并不需要浏览器)
⊙ 用户必须手动去下载并安装这些原生App
⊙ 有一些商店与卖场来帮助用户寻找你的App，目前app市场不计其数
移动Web App
⊙ 从移动设备上的浏览器访问
⊙ 不需要安装额外的软件
⊙ 软件更新只需要服务器就够了
⊙ 因为现在没有什么商品或卖场提供这种App，所以如何搜索这些移动Web App相当不简单。
四、版本控制
原生App
⊙ 用户可以自由地选择是否更新软件版本，所以会出现不同用户同时使用不同版本的情况
移动Web App
⊙ 所有的用户都是用同样的版本
五、优势
原生App
⊙ 比移动Web App运行快
⊙ 一些商店与卖场会帮助用户寻找原生App
⊙ 官方卖场的应用审核流程会保证让用户得到高质量以及安全的App
⊙ 官方会发布很多开发工具或者人工支持来帮助你的开发
移动Web App
⊙ 跨平台开发
⊙ 用户不需要去卖场来下载安装App
⊙ 任何时候都可以发布App，因为根本不需要官方卖场的审核
⊙ 如果你已经有了一个Web App，你可以使用 responsive web design来辅助改进
六、缺陷
原生App
⊙ 开发成本高，尤其是当需要多种移动设备来测试时
⊙ 因为是不同的开发语言，所以开发，维护成本也高
⊙ 因为用户使用的App版本不同，所以你维护起来很困难
⊙ 官方卖场审核流程复杂且慢，会严重影响你的发布进程
移动Web App
⊙ 无法使用很多移动硬件设备的独特功能
⊙ 要同时支持多种移动设备的浏览器让开发维护的成本也不低
⊙ 如果用户使用更多的新型浏览器，那问题就更不好处理了
⊙ 对于用户来说，这种App很难被用户发现
附：原生App 与 移动Web App:您如何选择？
所以在你准备做移动App时，你应该先问问自己以下几个问题：
1. 你的应用是否需要使用某些设备的特殊功能，比如摄像头，摄像头闪光灯或者重力加速器
2. 你的开发预算是多少？
3. 你的应用是否一定需要网络
4. 你的应用的目标硬件设备是所有的移动设备还是仅仅只是一部分而已
5. 你自己已经熟悉的开发语言
6. 这个应用对于性能要求是否苛刻
7. 如何靠这个应用赢利
HTML5的APP，指的是使用HTML5技术实现的，功能与交互类似于APP的移动端网站。
原生APP，指的是使用iOS或Android开发语言实现的APP（iOS开发语言为Object C、Android开发语言为Java）
使用HTML5技术与Object C / Java语言合并开发的应用被称为“Hybird APP”。
此外，2015年Facebook出品了可用于JavaScript开发的移动端原生应用 - React Native，React Native实现了对iOS和Android两大平台的支持。
HTML5技术目前并不广泛应用于APP的开发。
我们先来看看APP：伴随智能型移动终端的迅速崛起，使得App蔚为新世代宠儿，不仅满足了广大消费者之于食衣住行育乐等日常生活所需，对企业而言，更是赖以扩散创新应用服务，并与用户互动的主流路径；正因如此，不论是隶属于信息服务范畴的IT软硬件开发商或内容供货商，乃至于一般企业用户，显然都无法自外于这股趋势潮流。
再来看看Html5：近两年来，HTML5的发展势头确实很猛，甚至都出现了很多言论说：HTML5终将取代原生app，app终将消亡的言论。HTML5确实有着很多的优点，但是原生APP的开发也有着自己的优势。现在我们来对比一下HTML5和原生APP开发的优缺点。
1、在跨平台上，HTML5胜出
HTML5采用网络通用语言，不用考虑终端设备或者操作系统的不同。目前，W3C(万维网联盟World Wide Web Consortium，简称W3C)正在与汽车业、出版业、电视业进行讨论，将web引入新的设备平台中。随着平台逐渐丰富，这方面的成本问题将会日益凸显。
2、在用户体验和表现上原生APP开发胜出
在用户体验和表现这个方面，HTML5仍然面临着不同移动终端设备本地浏览器的功能接入问题，同时在提供用户展示图形界面和数据展现的丰富性方面还有不足，继续得到提高。
3、在开发速度和成本方面，HTML5胜出
HTML5的开发确实比原生开发更节省时间和人力，开发周期相对较短，人力投入也比较少，毕竟HTML5有着跨平台带来的无可比拟的好处。不需要投入两个团队或者更多的人去开发。
4、在版本控制和BUG修复方面，HTML5胜出
HTML5是web网页端的内容，如果出现BUG可以不用迭代版本，只需在后台修改即可修复bug，这是原生APP开发所不能做到的。
5、在变现能力方面，原生APP开发胜出
原生应用的分发平台，如App Store和Google Play，目前是获得收入的较为成熟的商业模式;而HTML5应用，除了付费下载以外，还没有形成其他成熟的商业模式。
6、对于碎片化挑战而言，HTML5胜出
尽管二者同样面临着严重的碎片化问题，不过HTML5先天具备的跨平台特性，可以在这方面占据先机。
虽然通过对比，原生APP开发略站弱势，但是原生APP的优势确实有的是不能被HTML5所代替的。或许将来的某一天HTML5的发展会很好，能力，技术已达到一个好的地步，能够替代原生APP的的先天优势，那你为什么不会去想象原生APP的开发也是一直在进步的呢？当然这仅是小编个人观点，时代在变化，尤其是在这移动互联网时代更是这样。
但是就目前状况来说，最好的开发模式是两种技术混合使用。比如同时在一个app中，使用原生的框架加载html5的内容之类的。要用变化的眼光看世界，世界上没有什么时候是绝对的。其实原生APP和HTML5决胜的关键就是：谁能打破分配、货币化、平台制约、网络影响力、功能性的瓶颈，谁就赢了。
达内Java培训专家提醒Html5和原生APP各占优势，结论就是：
1、预算有限的情况下，建议选择HTML5技术;
2、用户体验要求高的情况下，更适合原生技术;
3、开发速度要求快的情况下，建议选择HTML5技术;
4、必须用到某个HTML5不支持的系统功能的情况下，适合原生技术
其实，相比于APP，HTML5的有些优势是显而易见的，比如：
在跨平台上，H5不用考虑终端设备或者操作系统的不同，因为它采用网络通用语言，所以在这一方面H5完胜APP；（目前，W3C(万维网联盟World Wide Web Consortium，简称W3C)正在与汽车业、出版业、电视业进行讨论，将web引入新的设备平台中。随着平台逐渐丰富，这方面的成本问题将会日益凸 显。）
在开发速度和成本方面，H5的开发比原生开发更节省时间和人力，毕竟HTML5有着跨平台带来的无可比拟的好处。不需要投入两个团队或者更多的人去开发；
在版本控制和BUG修复方面，由于H5是web网页端的内容，若是出现BUG不需要迭代版本，秩序在后台修改即可修复，而这是原生app拍马不可及的；
对于碎片化挑战而言，尽管二者同样面临严重的碎片化问题，但HTML5先天具备的跨平台特性，可以在这方面占据先机；
HTML5不需要安装，它可以直接打开看，而APP是需要的安装。
但是，原生APP也有自己的优势：
在用户体验和表现方面，HTML5仍然面临着不同移动终端设备本地浏览器的功能接入问题，同时在提供用户展示图形界面和数据展现的丰富性方面还有不足，继续得到提高，相比原生APP则得天独厚；
在变现能力方面，原生应用的分发平台，如App Store和Google Play，目前是获得收入的较为成熟的商业模式;而HTML5应用，除了付费下载以外，还没有形成其他成熟的商业模式。
虽然一番对比下来，原生APP开发略站弱势，但是原生APP的优势确实有的是不能被HTML5所代替的。就目前状况来看，最好的开发模式是两种技术混合并进。
原生的就是比如说你是安卓的app就是用安卓语言开发，苹果app就是用ios语言开发。而h5app就是用网页的形式写成的一个手机app，这样安卓和苹果都支持，而且不需要下载客户端，相比其他二者app比较便捷，以上是我的个人见解，谢谢。