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对同一个串口的操作应该放在单个线程里，你的程序应该将串口接收和串口关闭的执行都放在一个线程里进行，这样在接收数据的间隙就可以正常执行close动作。而不会造成两个线程都在操作串口。
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关于串口通讯的问题：
很明显，你还不知道（不会、不习惯）使用事件驱动的方式接收数据。
建议你仔细看看串口组件（无论VB6还是VB.net）的OnComm事件，你的问题很容易解决。
关于以太网通讯：
在TCP通讯中端口确实可以重用，你百度一下“TCP端口重用”能查到很多示例。
但绝大多数情况下不推荐端口重用，而应该采取服务器端建立连接池的方法。
或者，干脆不用TCP，用UDP解决也可以。
上位机软件接收大量数据并显示，会造成界面卡顿，可采用双缓冲技术，即将数据存到内存，再将其绘制到界面，比将数据直接绘制到界面要省很多时间
添加在子进程里面，就加在你批量传输代码里的每一个传输后面，也就是大批量中的每传输一个数据就暂停一下，而不是每一个大批量才暂停一下。