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使用一些安全测试的办法与工具对服务器进行风险检测，找出服务器的脆弱点以及存在的安全缺陷。
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针对服务器操作系统自身的安全测试，包括一些系统配置、主机漏洞扫描等等
查看服务器操作系统当前用户是否为root用户，尽量避免使用root用户登录，启动其他服务程序，除非是一些需要root权限的安全工具，前提需要保证工具来源可信。终端需要 who 既可以查看当前登录用户。
登录到Linux系统，此时切换到root用户，下载lynis安全审计工具，切换到lynis运行脚本目录，执行 ./lynis --check-all –Q 脚本语句，开始对本地主机扫描审计，等待扫描结束，查看扫描结果。
登录到Linux系统，切换到root用户，使用命令行方式安装Clamav 杀毒软件，安装完毕需要更新病毒库，执行扫描任务，等待扫描结束获取扫描结果，根据扫描结果删除恶意代码病毒；
登录到Linux系统，切换到root用户，下载Maldetect Linux恶意软件检测工具，解压缩后完成安装。运行扫描命令检测病毒，等待扫描结束获取扫描报告，根据扫描报告删除恶意病毒软件；
登录到Linux系统，切换到root用户，下载Chkrootkit后门检测工具包，解压缩后进入 Chkrootkit目录，使用gcc安装Chkrootkit，安装成功即开始Chkrootkit扫描工作，等待扫描结束，根据扫描结果恢复系统；
登录到Linux系统，切换到root用户，下载RKHunter 后门检测工具包，解压缩后进入 RKHunter 目录，执行命令安装RKHunter ，安装成功即开始启用后门检测工作，等待检测结束，根据检测报告更新操作系统，打上漏洞对应补丁；
使用下面工具扫描Web站点：nikto、wa3f、sqlmap、safe3 … …
扫描Web站点的信息：操作系统类型、操作系统版本、端口、服务器类型、服务器版本、Web站点错误详细信息、Web目录索引、Web站点结构、Web后台管理页面 …
测试sql注入，出现几个sql注入点
测试xss攻击，出现几个xss注入点
手动测试某些网页的输入表单，存在没有进行逻辑判断的表单，例如：输入邮箱的表单，对于非邮箱地址的输入结果，任然会继续处理，而不是提示输入错误，返回继续输入。
针对风险测试后得到的安全测试报告，修复系统存在的脆弱点与缺陷，并且进一步加强服务器的安全能力，可以借助一些安全工具与监控工具的帮助来实现。
对服务器本身存在的脆弱性与缺陷性进行的安全加固措施。
使用非root用户登录操作系统，使用非root用户运行其他服务程序，如：web程序等；
web权限，只有web用户组用户才能操作web应用，web用户组添加当前系统用户；
数据库权限，只有数据库用户组用户才能操作数据库，数据库用户组添加当前系统用户；
根据安全审计、恶意代码检查、后门检测等工具扫描出来的结果，及时更新操作系统，针对暴露的漏洞打上补丁。
对于发现的恶意代码病毒与后门程序等及时删除，恢复系统的完整性、可信行与可用性。
部署在服务器上的Web站点因为程序员编写代码时没有注意大多的安全问题，造成Web服务站点上面有一些容易被利用安全漏洞，修复这些漏洞以避免遭受入侵被破坏。
配置当前服务器隐藏服务器信息，例如配置服务器，隐藏服务器类型、服务器的版本、隐藏服务器管理页面或者限制IP访问服务器管理页面、Web站点错误返回信息提供友好界面、隐藏Web索引页面、隐藏Web站点后台管理或者限制IP访问Web站点后台。
使用Web代码过滤sql注入或者使用代理服务器过滤sql注入，这里更加应该使用Web代码过滤sql注入，因为在页面即将提交给服务器之前过滤sql注入，比sql注入到达代理服务器时过滤，更加高效、节省资源，用户体验更好，处理逻辑更加简单。
1、漏洞扫描器的作用：把各种安全漏洞集成在一起，自动利用这些安全漏洞对远程主机尝试攻击，从而确定目标主机是否存在这些安全漏洞。漏洞扫描，确定特定服务存在的安全漏洞2、默认情况下windows有很多端口是开放的.在你上网的时候,网络病毒和黑客可以通过这些端口连上你的电脑.135端口漏洞：“冲击波”病毒就是利用RPC漏洞来攻击计算机的。RPC本身在处理通过TCP/IP的消息交换部分有一个漏洞，该漏洞是由于错误地处理格式不正确的消息造成的。该漏洞会影响到RPC与DCOM之间的一个接口，该接口侦听的端口就是135。139端口漏洞：开启139端口虽然可以提供共享服务，但是常常被攻击者所利用进行攻击，比如使用流光、SuperScan等端口扫描工具，可以扫描目标计算机的139端口，如果发现有漏洞，可以试图获取用户名和密码，这是非常危险的。445端口是一个毁誉参半的端口,有了它我们可以在局域网中轻松访问各种共享文件夹或共享打印机,但也正是因为有了它,黑客能通过该端口偷偷共享你的硬盘,甚至会在悄无声息中将你的硬盘格式化掉!在NT技术架构的Windows系统中，有一个系统内置的权限较低的匿名访问账号guest，由于该账号的存在往往会给系统的安全带来危害，比如：别人偷偷把你的guest激活后作为后门账号使用，更隐蔽的是直接克隆成了管理员账号，ADMINISTRATOR密码复杂对上网安全是有益的，会给黑客的直接攻击，提升权限增加难度，有防黑客的意义。黑客入侵的常用手段之一就是试图获得Administrator帐户的密码。1025端口以后Windows动态分配的监听端口（listen port）。匿名接入该端口后，就可获取Windows网络的服务器信息与用户信息等。可匿名获取用户名与服务器信息就意味着入侵者可以轻松地获得攻击服务器的信息。3、如何加强：135、139、445、1025为高危端口开放，应关闭135.139.445、1025等高危端口；GUEST被启用，应禁用GUEST！ADMINISTRATOR无密码或弱口令，应设置复杂的ADMINISTRATOR密码
网站漏洞扫描工作分几个层面进行的，分别是：
1、在线添加了域名之后，提交漏洞扫描进行扫描。
2、扫描后发现的漏洞详细信息查看，修复以及加固建议分析根据系统检测的结果，分析系统服务器存在的威胁情况。
3、扫描后的日志汇总，通过多维度的大数据安全漏洞库对比分析，完整的扫描报告分析。
（本回答由网堤安全---网站漏洞扫描--提供）