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在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
需要在终端中输入命令进行操作，打开终端有如下4种方法，建议你这样试试看：
1. 快捷键，“Ctrl + Alt + T”, 打开终端，输入命令，如 ls，
2. 点击搜索计算机，然后输入终端，点击，即可打开终端，
3. 进入任意文件夹下，点击右键，选择“在终端打开”，即可打开该路径下的终端，
4. 点击桌面左侧的终端快捷键，
然后在终端输入linux命令，如：ls，whoami, pwd, 等等。
linux基本操作命令：pwd命令、cd命令、ls命令、cat命令、cp命令。
1、pwd命令
使用pwd命令找出您所在的当前工作目录的路径。该命令将返回一个绝对（完整）路径，该路径基本上是所有以/开头的目录的路径。绝对路径的一个示例是/home/username。
2、cd命令
要浏览Linux文件和目录，请使用cd命令。根据您所在的当前工作目录，它需要目录的完整路径或名称。假设您位于/home/username/Documents中，并且想要转到Documents的子目录Photos。
3、ls命令
LS命令用于查看目录的内容。默认情况下，此命令将显示当前工作目录的内容。如果要查看目录的内容，请键入ls，然后键入目录的路径。
4、cat命令
cat（连接的缩写）是Linux中最常用的命令之一。它用于在标准输出（sdout）上列出文件的内容。要运行此命令，请键入cat，然后输入文件名及其扩展名。
5、cp命令
使用cp命令将文件从当前目录复制到另一个目录。例如，命令cpscenery.jpg/home /username/Pictures将在您的Pictures目录中创建一个Scene.jpg副本（来自当前目录）。
[root@localhost ~]#
用户 @ 主机名 当前目录
总结Linux命令输入规律：
如何输入命令：
命令 [选项]（[参数]）[选项的值]（[参数的值]）空格分割
常见选项（参数）：-h --help ； 特点：选项前有一个 -字母 或 --加单词
例：find /home -name mk
命令后：左边是源 右边是目标
例：cp a.txt a.txt.bak
作用：查看目录下的文档
语法：ls 目录
-l 显示详细信息
-a 显示隐藏文件
. 当时目录
.. 上级目录
-d 查看目录
-h 增强可读性
作用：查看当前所在的路径
语法：pwd
例：[root@iZ9403omxhxZ html]# pwd
/var/www/html
作用：切换目录
语法：cd 目录名
cd 回到用户的家目录
cd ~ 回到-用户的家目录
cd - 回到上级切换时目录
切换到/etc下
[root@localhost html]# cd /etc/
切换到/etc/sysconfig/
[root@localhost sysconfig]# cd /etc/sysconfig/
-h --help
man find
shutdow、init 、reboot
作用：关机，重启，定时关机
-r #重启
-h #关机
-h +2 # 2分钟后关机
-c
shutdown -h 22:00
作用：切换系统级别
语法：init 0~6
init 0命令用于立即将系统运行级别切换为0，即关机；
init 6命令用于将系统运行级别切换为6，即重新启动。
0是关机
1是单用户
2是多用户，不联网
3是多用户
4是不使用的
5是xwindows，也就是有界面的
6是重启
自己去查下reboot怎么使用吧，这里就不过多介绍了reboot --help
[root@localhost~]# runlevel
N 3
语法：
ln(选项)(参数)
它的功能是为某一个文件在另外一个位置建立一个同不的链接，这个命令最常用的参数是-s，具体用法是：ln –s 源文件 目标文件。
在此我们只介绍下软链接。
我们为js文件夹建一个软链接
我们为/var/www/html/forestry/js/ 在/root/目录下建立一个名叫js2的软链接。
图中我们可以看到js2的连接目录是/var/www/html/forestry/js/