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如果你是在eclipse或Myeclipse中，新代码是指直接在某个方法中增加几行操作（代码不能涉及需要引入的新对象，在方法外面新增的方法也不行）。那么是可以不用重启项目。至于你说是程序，那么就不好说了。运行中的程序是不可能的，你说法可能有问题。
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1.首先新建一个文件夹，如c:\\myWorkspace
2.然后在myWorkspace中再新建一个文件夹，名为你的项目名
3.如myProject，然后把你的源代码放到myProject中。
那么现在有文件目录如下
c:\myWorkspace\myProject\src
c:\myWorkspace\myProject\bin
c:\myWorkspace\myProject\build
等等。
4.如果你导入的源代码原本就是一个工程，那么2和3可以省略，直接把工程放到myWorkspace下
如c:\myWorkspace\SomeProject
5打开myeclipse 选择工作空间(workspace)为myWorkspace
6.点击导航栏 "File"-"New"-"Java Project"
7.选择"create project from existing source"，并点击"Browse"
8.到C盘下选择myProject
9."Project Name" 必须填写与你的工程文件夹名一致。如myProject
10 点击"Finish"完成
build放的应该是编译后的.class文件
db放的应该是数据库现相关的文件
res放的是其他资源
src放的是.java源文件
那个是这样的，你所想要做的应该是applet吧。
applet倒是可以的，需要做一个applet的程序，编译生成class文件。
然后写一个html用一个特定的标签去调用这个class，具体是哪个标签你就上网查一下呗。
不过你这个是用swing作的，这个就不知道需要怎么搞了，么搞过。。。。
Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
try {
runtime.exec("cmd /cls");
} catch (Exception e) {
System.out.println("Error!");
}