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摘要：Linux指令常用结构 ：Command [-option] [argument]
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Command：即是要运行的命令的本身，说白了就是一个程序；
Option：是选项（可选），选项是控制命令运行状态和行为的（可多个选项一起，如ls -al）；
Argument：是参数（可选），是命令要操作对象如文件、路径、数据、目录等；
在指令的第一部分按[tab]键一下为[命令补全]，两下为所有命令选择；
一、 Linux系统操作指令
1、开关机
2、查看系统信息
3、查看系统性能
4、查看磁盘指标
二、 Linux目录文件操作指令
1、目录文件
2、文件相关权限
3、文本处理
三、Linux用户权限操作指令
四、Linux压缩解压指令
五、Linux软件安装指令
Linux常用基本命令主要包括目录操作命令、文件操作命令、文件查看命令、磁盘管理命令、用户管理命令、系统管理命令等。
目录操作命令：cd、ls、mkdir、pwd、rmdir。
文件操作命令：cp、mv、touch、rm、grep、find、chmod、chown、chgrp、tar、split、gzip、tee、touch、unzip、zip、unrar、scp。
文件查看命令：cat、head、tail、more、nl、diff。
用户管理命令：useradd、usermod、userdel、passwd、su、groupadd、groupdel。
网络通信命令：netstat、route、ftp、sftp、ping、scp、telnet。
系统管理命令：who、uname、top、ps、kill、ifconfig、free、df、du、time、shutdown、reboot、man、last、halt、date、crontab、getconf。
磁盘管理命令：fdisk、mount、umount、sync。
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history