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实际是两个问题：控制台命令解析和文件操作。
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建议分成两块，代码结构更清晰，也有利于检查思路。
命令解析这种简单的就要字符串操作检查就行了，以后要做更复杂的可以用词法分析程序来作。
文件操作部分设计个接口，包括CRUD方法，以及必要的参数，每个方法里分别对文件进行遍历查找对应数据进行修改。更好的做法是把用户数据放在数据库里。
webjava运行是靠一个代码。根据相关信息资料查询JavaWeb后台管理框架，包含系统管理、代码生成、权限管理、站点、广告、布局、字段、配置等一系列常用的模块，整套系统一键生成所有代码模块（包括前端UI），一键实现CRUD，简化了传统手动抒写重复性代码的工作。
我只能说下我的思路：
1、提交数据，我简单分为两种：表单提交、AJAX付值提交。两种各有优缺点，表单提交方便简单，只要把FORM表单SUBMIT一下所有有name属性的input标签都会提交，但这个也成为了它的缺点，INPUT标签就会增多、乱而且只能放在FORM中，对多条记录操作时更显不便；AJAX提交最大的好处在于有回调函数可以对操作成功与否进行处理。struts或servlet接收数据是差不多的，声明对应的变量，比如：FORM表单中有input name="aa" type="text"/那么你就在action类写一个有get()方法aa变量就可以得到表单返回的数据了，用request.getParameter("aa")也可以。
2、CUD操作都可以对多条记录同时进行，一般就是把这条记录的ID和它对应的内容经过处理后通过AJAX提交到后台，比如删除：只要记录的ID就可以删除了，就可以把要删除的记录ID以“,”分隔，后台接收以后拆分出来执行SQL语句。你所说到的循环SQL语句，也不一定，比如hibernate或自己手动写的SQL语句，删除时你就可以这样写：delete from 表 where id in (x,x,x,x……)此时只要一条SQL就足够了，修改时除非是为同一个字段同时修改，不然还是要循环才能做到的，这就是我的理解了，希望能帮到你。
用户在拖拽空间生成模板的时候，最终要有保存动作吧？只需要再保存的时候，遍历模板中的控件，与数据库中记录的进行对比，再更新，就行了
对于修改表结构的问题，你也可以放到保存动作中处理
比如你在数据库中存储了某个表最基本的crud语句，一旦表结构变了，更新这些对应的基本语句就行
不知道我对你问题理解的对不对