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1） 首先备份MySQL4.1上的所有数据库，包含系统库和非系统库
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2） 卸载掉MySQL4.1版本，并清除掉MySQL数据自身的系统库（库名MySQL）
3） 新安装MySQL5.0版本，并启动之
4） 从主控上，对这个MySQL服务器做检测与修复，重建所有MySQL帐号
5） 将原先的用户数据库，覆盖回去，即可运行
其中有几点需要特别注意：
1） MySQL的系统库mysql一定要移除，否则新装mysql5.0后会无法启动
2） 必须使用检测修复的方式来重建mysql上的所有用户名和密码
3） 回盖用户数据时候，千万不要覆盖MySQL的系统库mysql，
否则会启动失败
4） 要使用直接移动/var/lib/mysql/库名/数据库文件的方式
而不能使用mysqldump方式将数据库转成sql脚本
一旦做了sql脚本转换，几乎一定会出现乱码问题
而直接移动、复制数据库文件，就不存在乱码问题
mysql4.1和5.0的升级会平滑完成，所有字符集浏览全部正常
特别注意事项:主控数据库所使用的mysql版本不能升级
前天我刚回答了相似的问题你参考一下
1.导出4.0.23当前数据库数据，进行备份。
2.安装4.1或5.1进行备份数据导入。
3.具体操作
linux中升级MySQL应采取的步骤：
1. 进行升级前你应先备份当前的MySQL安装。
2. 下载最新linux版MySQL。
3. 升级MySQL前，必须停止服务器。
如果服务器安装为服务，必须在命令提示符下在命令行中用命令停止服务：
4.当从以前至的4.0.23版本升级到4.1或5.1时,或从Zip文件安装的MySQL升级到MySQL Installation Wizard(安装帮助)安装的MySQL时，你必须手动卸载前面安装的MySQL服务。
如果你不想卸载已有的服务，MySQL Installation Wizard(安装帮助)则不会正确安装新的MySQL服务。
5. 如果你使用MySQL Installation Wizard(安装帮助)，请参考“使用MySQL安装向导”的描述来启动帮助。
6. 如果用Zip文件安装MySQL，应提取文件。你可以覆盖已有的MySQL安装，建议覆盖原有的安装。
7. 重新启动服务器。
我在windows环境下升级MySQL 从5.0到5.5升级。
升级就是重新安装了mysql。把原来的5.0下的data数据拷贝给5.5mysql下的data。但是拷贝后，重启5.5mysql 突然识别不了innodb的table_type。经过学习了解后。把5.0下的my.ini 文件中innodb的配置选项拷贝给了5.5后，重启问题得到了解决。
1、概述通常，从一个发布版本升级到另一个版本时，我们建议按照顺序来升级版本。例如，想要升级 MySQL 3.23 时，先升级到 MySQL 4.0，而不是直接升级到 MySQL 4.1 或 MySQL 5.0。 以下是在升级 MySQL 时需要注意的事项： 仔细阅读一下升级的目标版本的新特性和改变的特性，以及2个版本之间的不同特性 升级前一定要备份所有的数据 如果是在Windows平台上升级MySQL，请阅读附录 "在Windows平台上升级MySQL" 有些不同版本间的升级可能会涉及对授权表的修改，请尤其注意这个问题，详情请阅读附录 "升级授权表" ◆如果正在运行着同步，请阅读附录 "升级同步" ◆如果之前运行着MySQL-Max发布版本，想要升级到非MySQL-Max发布版本时，就需要从 mysqld_safe 去掉启动 mysqld-max 服务器的参数 在同一个发布系列版本的MySQL间，可以随意拷贝格式文件和数据文件。如果在MySQL运行过程中改变了字符集，就需要对每个MyISAM表执行 "myisamchk -r -q --set-character-set=charset" 命令修复一下。否则的话，索引的排序可能不正确，因为修改了字符集，就可能会改变索引的顺序。 通常情况下，升级到新版本不需要修改任何数据表。请检查MySQL发布事项中提到的升级需要注意的地方，如果发现不能直接升级的话，就先用 mysqldump 将数据导出来，然后再导回去。 如果担心升级失败，就先把旧版本的MySQL改个名字备份起来，以备所需。 同时，升级完之后可能还需要重新编译跟MySQL相关的程序，因为新版本的头文件和库文件可能有改变了。 如果升级后发生问题了，请先检查是否使用了旧的my.cnf配置文件，可以通过执行命令 "mysqld --print-defaults" 来打印出各种配置信息来确认。 升级的时候最好也升级类似Perl的 DBD::mysql 模块，同样，对PHP和Python而言也是一样。 2、从 MySQL 5.0 升级到 MySQL 5.1 从 5.0 升级到 5.1 的时候，必须要升级授权表。否则，可能某些存储过程无法运行。详情请看附录 "mysql_update MySQL升级时检查数据表"。 以下是从 5.0 升级到 5.1 需要注意的事项： 检查所有的变化，尤其注意那些标志为 "不兼容的变化" 的部分。详情请看附录 "mysql_update MySQL升级时检查数据表" ◆可能某些发布版本会改变授权表的机制