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linux常用命令有pwd命令、cd命令、ls命令、cat命令、grep命令、touch命令、cp命令、mv命令、rm命令、rmdir命令等。
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linux常用命令：
1、 pwd命令
该命令的英文解释为print working directory(打印工作目录)。输入pwd命令，Linux会输出当前目录。
2、 cd命令
cd命令用来改变所在目录。
cd / 转到根目录中
cd ~ 转到/home/user用户目录下
cd /usr 转到根目录下的usr目录中-------------绝对路径
cd test 转到当前目录下的test子目录中-------相对路径
3、 ls命令
ls命令用来查看目录的内容。 选项 含义 -a 列举目录中的全部文件，包括隐藏文件 -l 列举目录中的细节，包括权限、所有者、组群、大小、创建日期、文件是否是链接等 -f 列举的文件显示文件类型 -r 逆向，从后向前地列举目录中内容 -R 递归，该选项递归地列举当前目录下所有子目录内的内容 -s 大小，按文件大小排序 -h 以人类可读的方式显示文件的大小，如用K、M、G作单位 ls -l examples.doc 列举文件examples.doc的所有信息
4、 cat命令
cat命令可以用来合并文件，也可以用来在屏幕上显示整个文件的内容。
cat snow.txt 该命令显示文件snow.txt的内容，ctrl+D退出cat。
5、 grep命令
grep命令的最大功能是在一堆文件中查找一个特定的字符串。
grep money test.txt
以上命令在test.txt中查找money这个字符串，grep查找是区分大小写的。
6 、touch命令
touch命令用来创建新文件，他可以创建一个空白的文件，可以在其中添加文本和数据。
touch newfile 该命令创建一个名为newfile的空白文件。
7 、cp命令
cp命令用来拷贝文件，要复制文件，输入命令：
cp
cp t.txt Document/t 该命令将把文件t.txt复制到Document目录下，并命名为t。 选项 含义 -i 互动：如果文件将覆盖目标中的文件，他会提示确认 -r 递归：这个选项会复制整个目录树、子目录以及其他 -v 详细：显示文件的复制进度
8 、mv命令
mv命令用来移动文件。 选项 说明 -i 互动：如果选择的文件会覆盖目标中的文件，他会提示确认 -f 强制：它会超越互动模式，不提示地移动文件，属于很危险的选项 -v 详细：显示文件的移动进度
mv t.txt Document 把文件t.txt 移动到目录Document中。
9 、rm命令
rm命令用来删除文件。 选项 说明 -i 互动：提示确认删除 -f 强制：代替互动模式，不提示确认删除 -v 详细：显示文件的删除进度 -r 递归：将删除某个目录以及其中所有的文件和子目录
rm t.txt 该命令删除文件t.txt
10、 rmdir命令
rmdir命令用来删除目录。
1.grep：找出文件中含有关键字的行
2.cat:读取，显示或拼接文件内容
3.head:查看文件前多少行，默认为10行
4.less:使文件内容可以翻页显示，按q退出观看模式
5.sed :文本替换
6.vi:创建文件并写入内容
点击键盘上的“i”键，进入编辑状态 ，如果看到底部出现“插入”两字，表示成功进入编辑状态，此时就可以在文件中输入你想要输入的内容了
输入想插入的内容，输入完成后点击键盘上的“esc”键，退出编辑
输入:wq,点击回车，退出并保存
查看刚才是否些文件成功
7.%操作符，#操作符：根据拓展名切分文件名，“名称.扩展名”
有一些脚本是依据文件名进行各种处理的。我们可能会需要在保留扩展名的同时修改文件名，转换文件格式或提取部分文件名。
linux 常用命令有：
pwd 命令
使用 pwd 命令找出您所在的当前工作目录（文件夹）的路径。该命令将返回一个绝对（完整）路径，该路径基本上是所有以 / 开头的目录的路径。绝对路径的一个示例是 /home/username。
cd 命令
要浏览 Linux 文件和目录，请使用 cd 命令。根据您所在的当前工作目录，它需要目录的完整路径或名称。假设您位于 /home/username / Documents 中，并且想要转到 Documents 的子目录 Photos。为此，只需键入以下命令：cd Photos。另一种情况是，如果您想切换到一个全新的目录，例如 /home/username / Movies。在这种情况下，您必须输入 cd，然后输入目录的绝对路径：cd /home/username / Movies。有一些快捷方式可帮助您快速导航：cd ..（带有两个点）将一个目录向上移动 cd 直接转到主文件夹 cd-（带连字符）移动到上一个目录附带说明一下，Linux 的 shell 是区分大小写的。因此，您必须准确输入名称的目录。
ls 命令
LS 命令用于查看目录的内容。默认情况下，此命令将显示当前工作目录的内容。如果要查看其他目录的内容，请键入 ls，然后键入目录的路径。例如，输入 LS / 家 / 用户名 / 文档查看的内容的文件。您可以使用 ls 命令使用以下变体：ls -R 还将列出子目录中的所有文件 ls -a 将显示隐藏的文件 ls -al 将列出文件和目录以及详细信息，例如权限，大小，所有者等。
cat 命令
cat（连接的缩写）是 Linux 中最常用的命令之一。它用于在标准输出（sdout）上列出文件的内容。要运行此命令，请键入 cat，然后输入文件名及其扩展名。例如：cat file.txt。以下是使用 cat 命令的其他方法：cat filename 创建一个新文件 cat filename1 filename2 filename3 连接两个文件（1 和 2），并将它们的输出存储在新文件中（3）将文件转换为大写或小写使用，cat filename | tr a-z A-Z output.txt
cp 命令
使用 cp 命令将文件从当前目录复制到另一个目录。例如，命令 cp scenery.jpg/home /username/ Pictures 将在您的 Pictures 目录中创建一个 Scene.jpg 副本（来自当前目录）。
mv 命令
mv 命令的主要用途是移动文件，尽管它也可以用于重命名文件。mv 中的参数类似于 cp 命令。您需要输入 mv，文件名和目标目录。例如：mv file.txt/home /username/ Documents。
mkdir 命令
使用 mkdir 命令创建一个新目录 - 如果键入 mkdir Music，它将创建一个名为 Music 的目录。还有一些额外的 mkdir 命令：要在另一个目录中生成新目录，请使用此 Linux 基本命令 mkdir Music / Newfile 使用 p（父级）选项在两个现有目录之间创建一个目录。例如，mkdir -p Music / 2022 / Newfile 将创建新的 “2022” 文件。
rmdir 命令
如果需要删除目录，请使用 rmdir 命令。但是，rmdir 仅允许您删除空目录。
rm 命令
该 RM 命令用于删除目录以及其中的内容。如果只想删除目录（作为 rmdir 的替代方法），请使用 rm -r。注意：使用此命令时要格外小心，并仔细检查您所在的目录。这将删除所有内容，并且没有撤消操作。
touch 命令
该触摸命令允许您创建通过 Linux 命令行新的空白文件。例如，输入 touch /home/username/Documents/Web.html 在 Documents 目录下创建一个名为 Web 的 HTML 文件。
locate 命令
您可以使用此命令来定位文件，就像 Windows 中的搜索命令一样。此外，将 - i 参数与该命令一起使用将使其不区分大小写，因此即使您不记得其确切名称，也可以搜索文件。要搜索包含两个或多个单词的文件，请使用星号（*）。例如，locate -i school * note 命令将搜索包含单词 “school” 和 “ note” 的任何文件，无论它是大写还是小写。
find 命令
在类似定位命令，使用 查找也搜索文件和目录。区别在于，您可以使用 find 命令在给定目录中查找文件。例如，find /home/-name notes.txt 命令将在主目录及其子目录中搜索名为 notes.txt 的文件。使用查找时的其他变化 是：要查找当前目录中使用的文件，请使用 find . -name notes.txt 要查找目录，请使用 /-type d -name notes. txt13. grep 命令无疑对日常使用很有帮助的另一个基本 Linux 命令是 grep。它使您可以搜索给定文件中的所有文本。为了说明这一点，grep blue notepad.txt 将在记事本文件中搜索单词 blue。包含搜索到的单词的行将被完整显示。
sudo 命令
该命令是 “SuperUser Do” 的缩写，使您能够执行需要管理或超级用户权限的任务。但是，建议不要将此命令用于日常使用，因为如果您做错了一些事情，很容易发生错误。
df 命令
使用 df 命令可获取有关系统磁盘空间使用情况的报告，以百分比和 KB 表示。如果要以兆字节为单位查看报告，请输入 df -m。
du 命令
如果要检查文件或目录占用了多少空间，答案是 du（磁盘使用情况）命令。但是，磁盘使用情况摘要将显示磁盘块号，而不是通常的大小格式。如果要以字节，千字节和兆字节为单位查看它，请在命令行中添加 - h 参数。
head 命令
所述头命令用于查看任何文本文件的第一行。默认情况下，它将显示前十行，但是您可以根据自己的喜好更改此数字。例如，如果只想显示前五行，则键入 head -n 5 filename.ext。
tail 命令
该命令与 head 命令具有相似的功能，但是 tail 命令将显示文本文件的最后十行，而不是显示第一行。例如，tail -n filename.ext。
diff 命令
diff 命令是差异的缩写，diff 命令逐行比较两个文件的内容。分析文件后，它将输出不匹配的行。程序员在需要进行程序更改时经常使用此命令，而不是重写整个源代码。此命令最简单的形式是 diff file1.ext file2.ext
tar 命令
该 tar 命令是最常用的命令归档多个文件到一个压缩包。类似于 zip 格式常见的 Linux 文件格式，压缩是可选的。该命令具有很长的功能列表，非常复杂，例如将新文件添加到现有档案中，列出档案内容，从档案中提取内容等等。查看一些实际示例，以了解有关其他功能的更多信息。
chmod 命令
chmod 是另一个 Linux 命令，用于更改文件和目录的读取，写入和执行权限。由于此命令相当复杂，因此您可以阅读完整的教程以正确执行它。
chown 命令
在 Linux 中，所有文件均归特定用户所有。该 CHOWN 命令使您可以更改或文件的所有权转让给指定的用户名。例如，chown linuxuser2 file.ext 将使 linuxuser2 成为 file.ext 的所有者。
Jobs 命令
jobs 命令将显示所有当前作业及其状态。作业基本上是由 Shell 启动的进程。
kill 命令
如果您的程序无响应，则可以使用 kill 命令手动终止它。它将向运行异常的应用发送特定信号，并指示该应用自行终止。您总共可以使用 64 个信号，但是人们通常只使用两个信号：SIGTERM（15） — 请求程序停止运行，并给它一些时间来保存其所有进度。如果在输入 kill 命令时未指定信号，则将使用此信号。SIGKILL（9） - 强制程序立即停止。未保存的进度将丢失。除了知道信号之外，您还需要知道要杀死的程序的进程标识号（PID）。如果您不知道 PID，只需运行命令 ps ux。在知道您要使用什么信号以及程序的 PID 之后，输入以下语法：kill [signal option] PID.
ping 命令
使用 ping 命令检查与服务器的连接状态。例如，只需输入 ping google点抗 ，该命令将检查您是否能够连接到 Google 并测量响应时间。
wget 命令
Linux 命令行非常有用 - 您甚至可以在 wget 命令的帮助下从 Internet 下载文件。为此，只需键入 wget，然后输入下载链接即可。
uname 命令
该 UNAME 命令，短期对于 Unix 名，将打印您的 Linux 系统，如计算机名称的详细信息，操作系统，内核，等等。
top 命令
作为与 Windows 中的任务管理器等效的终端，top 命令将显示正在运行的进程的列表以及每个进程使用的 CPU 数量。监视系统资源使用情况非常有用，尤其是知道哪个进程由于消耗太多资源而需要终止时。
history 命令
当您使用 Linux 一段时间后，您会很快注意到每天可以运行数百个命令。因此，如果您想查看之前输入的命令，运行历史记录命令特别有用。
man 命令
对某些 Linux 命令的功能感到困惑吗？不用担心，您可以使用 man 命令从 Linux 的外壳程序中轻松地学习如何使用它们。例如，输入 man tail 将显示 tail 命令的手动指令。
echo 命令
此命令用于将一些数据移到文件中。例如，如果要将文本 “Hello，我的名字叫 John” 添加到名为 name.txt 的文件中，则可以键入 echo Hello, my name is John name.txt
zip，unzip 命令
使用 zip 命令将文件压缩到 zip 归档文件中，然后使用 unzip 命令从 zip 归档文件中提取压缩文件。
hostname 命令
如果您想知道主机 / 网络的名称，只需键入 hostname。在末尾添加 - I 将显示您的网络的 IP 地址。
useradd，userdel 命令
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history