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在C语言里，主函数，也就是main函数，是C标准的一个组成部分（参考C90/C99标准协议文档）。虽然它也被称作函数。但是，它对于C编译器来讲，它并不是一个真正意义上的函数。或者说，它不属于你代码中的任何一个模块。
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由于历史原因，丹尼斯里奇和肯汤普森在完成对Basic的升级之后（也就是最初的C），对于整个语言写成的代码的主入口作出了一个定义，也即，使用一个名为main的，被定义为函数形式的段表示整个C程序（在OS中运行的某个进程）的进入点（Entrance）。
但对于用户的代码而言，用户使用C语言编写的所有模块中的函数都是经过设计和实现的；而不具有main的通用性。也许你应该知道，一个C程序的执行必然是从main开始的。
关于模块化编程，我不知道提问者是否清楚其具体。如果不甚明白的话，请参考（C语言模块化编程(我见过最好的).pdf），来源于百度文库。
这是没有矛盾的，main是主函数，不管放在哪，c编译器都找到它并第一个执行。而“自顶向下”则是指解决问题算法和程序执行流程。打个比方吧，你想用c从键盘输入一行字符，然后是一行数字，最后又是一行字符，你可以用函数实现，先编个接受字符输入的函数，再编一个数字输入的函数。调用时先调用第一个，再第二个。一般调用在main函数中执行。
C语言的程序模块称为函数。
模块化程序设计是将一个大的任务分解成若干个小任务，再将小任务分解成更小的任务，直到每一个任务都只完成一个独立功能。这样的每个任务都叫做模块，C语言中模块是用函数来实现。
扩展资料：
一个较大的程序一般应分为若干个程序块，每一个模块用来实现一个特定的功能。所有的高级语言中都有子程序这个概念，用子程序实现模块的功能。在C语言中，子程序的作用是由一个主函数和若干个函数构成。由主函数调用其他函数，其他函数也可以互相调用。同一个函数可以被一个或多个函数调用任意多次。
在程序设计中，常将一些常用的功能模块编写成函数，放在函数库中供公共选用。要善于利用函数，以减少重复编写程序段的工作量。
函数分为全局函数、全局静态函数；在类中还可以定义构造函数、析构函数、拷贝构造函数、成员函数、友元函数、运算符重载函数、内联函数等。
参考资料来源：百度百科-函数